神东矿区处于晋、陕、蒙三省接壤区。过去这里的风蚀区面积占到80%以上，植被覆盖率仅11%，是国家级水土流失重点监督区。2006年，神东矿区重点建设公涅尔盖水库风沙区治理项目、大柳塔东西山生态常绿林项目、石圪台煤矿绿化项目、两山一湾灌溉管网、橡胶坝等工程，完成治理面积455万平方米。

经过10多年的努力，准格尔矿区内共绿化复垦种植281.4万平方米，绿化率为41.4%，其中工业广场绿化210万平方米，绿化率为89.5%，排土场复垦种植面积为78万平方米，复垦种植率为24.8%，复垦率是我国平均复垦水平的12倍。公司用于土地复垦生态再造累计投资资金人民币5,000多万元，矿区植被覆盖率由原来的不足25%提高到70%以上，植被覆盖率比自然地貌提高了2倍到3倍，水土侵蚀量较原来减少80%以上。

2006年2月，神东煤炭分公司获得国家环保总局颁发的“绿色东方—第三届中华环境奖”唯一的企业奖；2006年6月，朔黄铁路工程被国家环保总局授予“国家环境友好工程”称号。2006年12月，神东煤炭分公司大柳塔煤矿和准格尔能源公司被国土资源部授予“全国矿产资源合理开发利用先进矿山企业”称号。

2006年，本公司发电分部加快了电厂除尘脱硫或脱硝工程建设步伐，9台机组的脱硫工程、2台机组的脱硝工程竣工并投入运营；朔黄铁路发展有限责任公司完成了铁路沿线的噪声屏障试点工程；神东煤炭分公司对污水处理厂进行改造，改造后建成日处理约96,000吨的15座污水处理厂，使矿井水利用率提高到50%，生活污水利用率提高到35%。